Le monde est arrivé à sa fin. Il n'y a pas de retour en arrière possible. Alors que l'existence s'éteint, quatre individualités échappent au désastre, en direction du Nouveau Monde, un Shinsei Tengoku [新生天国]. Ils se réveillent dans un nouvel univers où règnent la Magie parmi les hommes et l'Hégémonie des dieux sur la Terre. Deux de ces quatre individualités, Ayato Homura et Ryougi Kuzuryu démontrent une plus grande puissance spirituelle au point de se faire appeler respectivement par les noms de Tendô (天道, "Way of Heaven") et Naraku (奈落, "Abyss"). Malgré les invitations des grandes Cabales Magiques, ils préfèrent se ranger aux côtés d'une petite fille -Yuri- seule survivante d'une petite Cabale : Ashura-Kai. Mais à cause de ça, leur aventure dans ce monde magique ne va pas être de tout repos, leur Cabale étant parmi les plus faibles existantes et leur objectif étant de faire d'elle la plus puissante de tout "Millenium".