An 2074, l'humanité vis recluse afin d'échapper aux "apôtres", des êtres géants envoyés par "Dieu" dans le but d'anéantir l'humanité.
Dans la ville de Akumi, Kai un jeune garçon tombé du ciel, se réveille au milieu de ruines, traces d'un affontement récent. Atteint d'amnésie il erre à travers les ruines à la recherche de son passé.