L'histoire se déroule quelque part sur Terre dans ce qui semble être un pays occidental. Au début des années 2000, Masaru, notre premier protagoniste est un lycéen sans histoire mais pourvue d'une intelligence hors-norme et surtout d'un ego surdimensionné. Il excelle à l'école et dans toutes les activités extrascolaires qu'il pratique. Il provoque au cours d'un tournoi national d'échecs, un joueur qu'il trouve trop mauvais pour participer, cependant cette provocation le mêlera alors à une organisation étrange.
Après avoir découvert l'existence de cette organisation, il entrera dans une confrontation avec celle-ci, et surtout son chef, Satoshi, un homme dérangé qui par ennuie s'amuse à détruire psychologiquement des gens. Masaru ne tiendra pas et frôlera la folie, choisissant alors de s'éloigner de cette vie, mais laissant derrière lui un carnet, une empreinte pour le futur.