Mikoto vient d'entrer dans le collège de ses rêves. A un endroit peu fréquenté de l'école se trouve une porte entièrement blanche. Sans savoir qu'il était interdit d'y entrer, elle l'ouvre et découvre le Monde des Gemmes, lié d'une façon ou d'une autre à notre monde. Pour une raison inconnue, la "limite" entre ce monde et le notre est sur le point de se briser, et on n'en connaît pas les conséquences.
Avec Mina, Sakuya et Ume, Mikoto essaiera de trouver une solution à ce problème bien ficelé... .