"My Life as a Killer" suit l'histoire de Kirito, un jeune lycéen qui subit des mauvais traitements de son beau-père. Lorsqu'il trouve sa sœur étant violée par ce dernier, il est confronté à une décision cruciale. Il est alors approché par une femme qui lui propose de rejoindre une organisation secrète pour éliminer des politiciens corrompus, sous trois conditions : risquer sa propre vie, abandonner sa sœur et rejoindre l'organisation. Kirito doit donc choisir entre se joindre à cette organisation clandestine et sauver sa sœur, ou trouver une autre solution pour résoudre ses problèmes.